儿童肠道菌群在类型和数量上表现出很大的差异，而许多因素会对细菌在肠道不同部位的生长和定植产生影响。这些因素包括宿主因素和微生物因素。

宿主因素指的是与宿主个体有关的因素，如年龄、遗传背景、整体健康状况、饮食习惯、药物使用、肠道蠕动、肠道传输时间和黏液分泌等。

微生物因素包括营养物质的可利用性、细菌之间的合作或拮抗以及细菌与肠道黏膜的附着能力。值得一提的是，肠道的每个部位都有自己独特的微生物群落。

宿主的饮食对儿童肠道菌群的发育至关重要，因为碳水化合物的发酵是肠道菌群的核心功能之一。小肠的微生物群落可以快速适应肠道内不同种类的营养物质，并迅速代谢简单的碳水化合物。与此同时，结肠的微生物群落可以降解复杂的碳水化合物。高脂肪饮食会促使梭状芽胞杆菌增多，抑制双歧杆菌和拟杆菌的增长。改变饮食习惯会在短短两天内迅速改变结肠菌群，并在长期中产生影响。

分娩方式也可能影响婴儿早期的肠道菌群，不过这种影响可能会受到使用抗生素的影响而有所不同。顺产婴儿的肠道菌群以双歧杆菌为主，而肠球菌和克雷伯氏菌等致病菌则较少。剖腹产婴儿在出生后的..年，肠道菌群表现出不稳定状态，克雷伯氏菌和肠球菌等病原菌占据优势地位，而有益的双歧杆菌则推迟出现。

母乳喂养和配方奶喂养对肠道菌群也有显著影响。纯母乳喂养会使婴儿的肠道微生物多样性较低，主要以双歧杆菌为主，而配方奶喂养的婴儿肠道菌群则更为多样化，类似于年龄较大的儿童。双歧杆菌的优势地位将显著影响免疫系统的成熟和发育，有助于降低儿童感染的风险。

肠道菌群在人类的一生中以可预测的模式发展，从新生儿时期的模式发展到三岁时达到成人模式，这个过程变化很快。随后，肠道菌群进入稳定阶段，直到中年后期才再次加速变化，这些变化可能与衰老、潜在疾病和药物使用有关。

与此同时，肠道菌群模式的变化也可以预测寿命的缩短。质子泵抑制剂的使用与肠道细菌丰度的下降和不健康菌群的优势地位相关，这容易导致艰难梭菌感染。抗生素的使用会减少物种多样性，改变代谢活性，并促进抗生素耐药的微生物株的生长，从而对肠道菌群产生负面影响，导致抗生素相关性腹泻和反复感染艰难梭菌。

微生物群落中的微生物之间会相互合作。例如，卵形拟杆菌和普通拟杆菌存在相互关系，卵形拟杆菌能够消化多糖菊粉，并为其它拟杆菌提供能量和食物来源。而普通拟杆菌则通过解毒抑制物质和分泌促生长因子来帮助卵形拟杆菌。这种细菌之间的合作对于维持肠道生态系统的稳定至关重要。

另一方面，微生物群落中也存在着细菌之间的相互拮抗作用，这导致特定菌株的组成和丰度有所不同，但也有助于稳定微生物群落的长期存在。细菌在肠道上皮表面的附着会影响它们在肠道内的滞留时间，从而对肠道菌群与宿主之间的相互作用产生巨大影响。一些细菌的附着能力有助于它们在肠道中的短暂定植，并加强它们的免疫调节功能，增强肠道屏障和代谢功能。